Alain Desseigne est instituteur de formation. Il a exercé les fonctions de conseiller pédagogique en éducation musicale de l’Éducation nationale pour les instituteurs et professeurs des écoles du département du Rhône. Il a participé, en 1984, à la création du Centre de formation de musiciens intervenants de l’université Lumière-Lyon 2 (C.F.M.I.).
Après en avoir assuré la co-responsabilité, il a dirigé le C.F.M.I. de Lyon de 2002 à 2014.
Il a pratiqué le chant choral en tant que chef de chœur et chante aujourd’hui dans l’ensemble vocal « Les clés à molette » qui se consacre à faire connaître la chanson française contemporaine.
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