Henri Gonnard a fait ses études musicales aux conservatoires de Grenoble et de Lyon (pratique instrumentale, musique de chambre, analyse et écriture) et ses études de musicologie à l’université Lumière-Lyon 2 où il a enseigné de 1984 à 1990. Il a ensuite été nommé à l’université de Tours (1990-2022) dont il a été directeur du Département de musicologie. Habilité à diriger des recherches, il est aussi intervenu dans divers établissements français et étrangers (Lille 3, Paris 8, Grenade, Sarrebruck, Rome, Venise, etc.).
Il est d’abord connu pour ses travaux théoriques et analytiques consacrés à la tonalité et à la modalité post-tonale tels que La musique modale en France de Berlioz à Debussy (2000) ou Introduction à la musique tonale. Perspectives théoriques, méthodologiques et analytiques (2011, traduit en japonais en 2015). Il a également été l’organisateur d’une recherche collective et internationale rassemblée dans Regards sur la Tonalité/Perspectives on Tonality (2013) qui multiplie les approches du phénomène tonal (cognitive, sémiologique, mathématique, etc.).
Henri Gonnard s’intéresse aussi à la musique occidentale envisagée dans ses rapports avec la littérature et l’histoire des idées, du romantisme au surréalisme. Ces investigations l’ont en particulier amené à faire paraître en 2021 Musique et surréalisme en France d’Erik Satie à Pierre Boulez, qui, par le biais du comparatisme, permet à des personnes peu sensibilisées à l’art musical d’en mieux saisir la richesse. Gonnard a par ailleurs publié, avec Christiane Heine, La musique de chambre au milieu du XXe siècle. France-Espagne (2017) et, avec Catherine Douzou, Marie-Hélène Soubeyroux et Anne Ullmo, Libertés & contraintes. Cultures, arts, sociétés (2024).