Pierre-Emmanuel Lephay a étudié la musicologie aux universités de Bordeaux III, Toulouse le Mirail et Paris Sorbonne. Il a par ailleurs étudié la direction de chœurs, l’histoire de la musique, le chant, l’orgue, le traverso et le contrepoint aux conservatoires de Bordeaux, Toulouse et Metz. Il a obtenu un prix de fin d’études en musique de chambre baroque au conservatoire de Metz et une médaille de vermeil en contrepoint au conservatoire de Bordeaux. Il a chanté dans les chœurs de l’Opéra national de Bordeaux ainsi que dans des formations semi-professionnelles comme l’Ensemble vocal de l’Abbaye aux dames de Saintes, alors dirigé par Michel Laplénie.
Il intègre l’Éducation nationale en 1994 suite à l’obtention de l’agrégation de musique. Depuis 2017, il enseigne à la fois dans le second degré et à l’université de Strasbourg où il est co-responsable du Master Enseignement.
Il a soutenu sa thèse en 2009 à l’université de Strasbourg sur le thème de l’inachèvement : « Que faire d’une œuvre inachevée ? Les choix interprétatifs face au manque à travers les exemples de L’Art de la fugue de Bach, La Khovantchina de Moussorgski et la 9e Symphonie de Bruckner ».
Il a publié Quand l’enregistrement change la musique (Herrmann, 2017 ; collection du GREAM), ouvrage collectif dont il était avec Alessandro Arbo le co-directeur de publication.
