Chef né à Rio de Janeiro (Brésil), Eduardo Lopes commence ses études musicales en tant que flûtiste et chanteur. C’est à l’Université de Rio de Janeiro qu’il obtient son premier certificat d’études supérieures en musique.
Pendant cette période, il dirige de nombreux ensembles en Amérique Latine avec lesquels il obtient des prix, organise des tournées internationales et enregistre des disques. Depuis, son intérêt pour les cultures indigènes et afro-brésiliennes le pousse à une investigation plus profonde de la musique de son pays. Par ailleurs, il a eu l’occasion de travailler comme chef, chanteur, instrumentiste et arrangeur aux côtés de grands noms de la musique brésilienne comme Caetano Veloso, Jaques Morelenbaum, Joyce, Paulo Moura, Clara Sandroni…
Boursier du gouvernement français, il entre au Conservatoire national supérieur de musique de Lyon en 1993 et y obtient le Diplôme national d’études supérieures musicales. D’importantes institutions musicales telles que l’Opéra national de Lyon, l’Orchestre national de Lyon ou la Cité de la musique à Paris font appel à lui en tant que chef invité et pédagogue. Son intérêt particulier pour la direction de la musique du xxe siècle et les musiques extra-européennes l’amène régulièrement à diriger et à enseigner en Europe et en Amérique du Sud.